Powikłania po aborcji farmakologicznej to standard. Mimo że taka opcja jest już od lat, to po spożyciu tabletek nadal pojawia się wiele problemów. Standardowym efektem ubocznym aborcji farmakologicznej jest perforacja macicy i niecałkowita aborcja, która często doprowadza do mocnego krwotoku i infekcji. Stąd też w większości przypadków po aborcji farmakologicznej konieczne jest udanie się do lekarza w celu usunięcia resztki tkanki z macicy.